超声医学工程国家重点实验室在1988年重庆医科大学成立的超声生物学效应研究生课题组基础上发展起来，至今已有32年历史。在此期间，先后获批组建了3个国家级平台、8个省部级平台，其中包括：
重庆医科大学医学超声工程研究所（1997年）
生物医学工程重庆市高校重点实验室（2000年）
超声医学工程重庆市重点实验室（2002年）
超声医学工程省部共建国家重点实验室培育基地（2002年获首批建设，2012年被评为优秀）
超声医疗国家工程研究中心（2006年）
超声分子影像学重庆市医学重点实验室（2011年）
微无创医学协同创新中心（2012年，重庆市首批）
超声分子影像重庆市重点实验室（2014年）
分子影像与靶向精准治疗重庆市高校重点实验室（2017年）
省部共建微无创协同创新中心（2019年，重庆市）
超声医学工程国家重点实验室 （2020年）
