重庆医科大学于2002年成立生物医学工程系（2011年更名为生物医学工程学院），是在重庆医科大学超声工程研究所的基础上发展起来的，2002年12月省部（重庆市——科技部）共建超声医学工程国家重点实验室培育基地获得国家科技部批准建设、2020年3月科技部和重庆市政府正式批准依托重庆医科大学建设运行超声医学工程国家重点实验室，2003年获批生物医学工程一级学科博士授权点，2005年获批超声医疗国家工程研究中心，2012年获批重庆市首批2011协同创新中心——微无创医学协同创新中心、2019年获批省部共建（重庆市——教育部）微无创医学协同创新中心、2019年12月五年制生物医学工程专业获批国家一流本科专业建设。目前，实行学院、研究所、重点实验室、工程中心、协同创新中心等一体化管理，团队以领先国际的超声治疗技术为主线，围绕强声学与声学效应、多模态影像监控与智能精准治疗、超声治疗临床研究与大数据三个研究方向，瞄准世界科技前沿，面向国家战略与地方经济社会需求，成功搭建了以超声治疗为代表的微无创医学学术和技术平台。
重庆医科大学于2003年8月获生物医学工程博士学位授予权（一级学科）。现设置有五年制生物医学工程专业（医疗器械方向）本科专业。已经形成了生物医学工程本科—硕士—博士—博士后完整的人才培养体系。在校本科生220余名、硕士研究生134名、博士研究生45名、博士后20名。
目前，实验室、学院等科研用地面积约4500m2，固定资产总值约6000余万元。实验室聚集了一支以院士领衔的学术顾问团队，以国家重大科研仪器研制专项首席科学家、973计划首席科学家、国家杰出青年基金获得者为带头人，以国内外知名专家为学术骨干的多学科交叉、医工融合的研究队伍，现有产学研用团队400余人，并于2004年获评教育部“长江学者和创新团队发展计划”的生物医学超声创新团队。
近年来，团队作为首席单位先后承担了国家重大科学仪器研制专项1项、国家重点研究发展计划（973计划）项目1项、国家“十二五”科技支撑计划1项、国家“十一五”科技支撑计划2项、国家自然科学基金委重点项目2项、杰出青年基金项目1项等100余项国家和地方科研项目，获准科研经费1亿余元。已获2010年国家科技进步二等奖1项、2000年国家技术发明二等奖1项等多项荣誉；在国内外刊物上公开发表学术论文1000余篇，其中SCI论文上近300篇；出版《微无创医学丛书——子宫肌瘤》、《实用超声治疗学》、《超声治疗学》、《超声医学》、《医学仪器原理与应用》等专著。
目前，超声治疗技术作为微无创治疗的代表技术，被认为是今后全球科技重大前沿问题之一。迄今为止，团队研制的具有我国完全自主知识产权的JC200型聚焦超声肿瘤治疗系统、CZF型超声波治疗仪等系列超声治疗设备已经在解放军总医院、中南大学湘雅三院等2800余家医院应用，并出口德国、英国、意大利、俄罗斯、日本、韩国等27个国家和地区，已累计治疗各类患者200万余例。超声治疗技术已不仅仅是一项肿瘤治疗新技术，而发展成为一个可以涉及恶性肿瘤、良性肿瘤和众多非肿瘤性疾病治疗的新领域、新产业。
2001年5月，“首届HIFU在医学中的应用国际研讨会”在中国重庆召开；2009年10月“首届超声无创治疗国际高峰论坛”在中国重庆召开；2013-2019年，第1-4届“微无创医学长江高峰论坛”在中国重庆召开；2012-2016年、2018-2020年，实验室先后获批在重庆、埃及、南非、保加利亚成功举办8届“超声波治疗肿瘤技术国际培训班”；2007-2019年，实验室连续举办了13届“超声治疗‘大家’暑期论坛”。这标志着中国重庆在超声治疗领域的工程技术研究、基础和临床应用研究已走在了世界前列。
